圣天翔学园传说是由天使们所创设的,在汐碕市内是十分有名的一所学园。 天野光人在这所学园上学,他渐渐对这平凡的一天天有点厌烦了。 在固定的时间起床,然后上学,听课,接着回来,就是这么样无聊的每一天。 而让光人的生活发生变化的,正是刚刚换季后的初夏之时。
光人他们被指派去打扫称作B栋,现在已经很破旧而无人使用的共三层楼的校舍。 虽说如此,但去打扫的也只有光人一人而已。其他的同学都在怠工。 光人陷入了要自己打扫B栋整栋楼的困境。按顺序地打扫完一层,二层,三层以后, 光人不知不觉地把第四层也打扫完了。 B栋应该是个三楼建筑却有第四楼。并且在四楼,光人和一个孤独地读着书的少女相遇了。
以不可思议的B栋的四楼为舞台,光人卷入了这所学校所隐藏着的, 普通人无法见到的各种现象之中,紧接着又知晓了天使的存在,并接触到了其中的秘密。